داستان بازی Assassins Creed Rogue Remastered برهه زمانی بین نسخه سوم تا چندسال پس از اتفاقات «Black Flag» را روایت میکند و بازیکنان در نقش کاراکتری با نام «Shay Patrick Cormac» قرار میگیرند. سکانسهای ابتدایی تنها با معرفی کردن کاراکتر Shay و فضاسازی کلی داستان سپری میشود و بعد از گذشت ساعتی، وارد خط اصلی داستان خواهید شد. ماجرا اصلی از جایی آغاز میشود که Shay برای بهدست آوردن یک آیتم مرتبط با Pieces of Eden روانه شهر لیسبون در پرتغال میشود.
ناگهان پس از پیدا کردن این شی تمام شهر آوار و خراب شده و تنها Shay میتواند از آن مهلکه فرار کند. پس از این اتفاق، وی با سایر اساسینها وارد درگیری میشود و آنها را مقصر اصلی این اتفاق میداند. پس از رخ دادن اتفاقاتی (که نمیخواهم آن را اسپویل کنم)، Shay در نهایت به فرقه تمپلارها میپیوندد و برای نابودی اساسینها تلاش میکند. این گونه است که ما برای اولین بار، در نقش یکی از افراد تمپلارها قرار میگیریم و علیه اساسینها دست به اقدام میزنیم. داستان بازی Assassins Creed Rogue Remastered، مخصوصا در چند ساعت اول، بسیار جذاب و دیدنی روایت میشود و میتواند بازیکن را جذب خود کند.