داستان بازی روی دو شخصیت تمرکز دارد؛ Kenji Mozu از قبیله هیا بوسا و Kumori از قبیله Black Spider. سرنوشت این دو در پیوندی ناخواسته به هم گره می‌خورد و بازیکن با کنترل توانایی‌های ترکیبی آنها، وارد نبردی سرنوشت‌ساز علیه نیروهای اهریمنی می‌شود. روایت ساده اما پر از لحظات حماسی طراحی شده تا حس کلاسیک نینجا گایدن را زنده کند.