در ژوئن 1349، شش ماه پس از وقایع بازی اول، خواهر و برادران آمیشیا (شارلوت مک برنی) و هوگو دو رون (لوگان هانان) به همراه مادرشان بئاتریس (لوسی بریگز-اوون) و شاگردش لوکاس (کیت کانر) به دنبال پناه در میان سازمانی از کیمیاگران به نام نظم. یک گروه متخاصم از زنبورداران بقا به خواهر و برادر حمله می کنند و باعث می شوند که پریما ماکولا در هوگو دوباره بیدار شود. گروه در یک شهر مستحکم در پروونس پنهان میشوند، جایی که بئاتریس برای درمان هوگو از نماینده Order Vaudin (آنتونی برن) کمک میگیرد. درمانها فقط وضعیت او را تشدید میکند و در نتیجه شهر توسط موشها هجوم میآورد و ویران میشود. وودین کشته می شود در حالی که بقیه با قایق به سمت مقر سفارش در مارسی فرار می کنند.
آمیشیا که نمیخواهد هوگو را بهعنوان آزمودنی سفارش محبوس ببیند، هوگو را میگیرد و بئاتریس و لوکاس را ترک میکند تا به دنبال جزیرهای بگردند که هوگو رویاهای تکراری آن را میبیند، به این امید که منجر به درمان ماکولا شود. در طول راه، آنها توسط سربازان پروونس و همچنین مزدوران تحت رهبری شوالیه رسوایی آرنو (هری مایرز) تعقیب می شوند. آرنو پیشنهاد می کند که از رویاهای هوگو، لا کونا، حمل و نقل به جزیره را ترتیب دهد. آنها با کشتی دوست قاچاقچی آرنو، سوفیا (آنا دمتریو) به جزیره می روند.