Crisis Core هفت سال قبل از رویدادهای Final Fantasy VII شروع می شود و شخصیت های زیادی از آن بازی و آثار مرتبط ظاهر می شوند. با این حال، شخصیت‌های اصلی بازی یا از سربازان SOLDIER هستند که از سربازان ماکو پیشرفته تشکیل شده‌اند یا از شاخه‌های مخفی آن‌ها، ترک‌ها.

قهرمان اصلی بازی زک فیر، یک سرباز جوان و دوستانه است. مربی و دوست او Angeal Hewley است، یک سرباز درجه یک که همچنین با دیگر اعضای SOLDIER، Sephiroth و Genesis دوست است، که در نهایت به آنتاگونیست اصلی بازی تبدیل می‌شود.ماموران SOLDIER زیر نظر مدیر لازارد، پسر نامشروع رئیس جمهور شینرا کار می کنند. زک همچنین با ترک‌ها، به‌ویژه رهبر آن‌ها Tseng و یکی از عوامل زن آنها، Cissnei، دوست است. در طول بازی، زک با Aerith، زن جوانی که از گل‌های یک کلیسای ویران شده در زاغه‌های Midgar مراقبت می‌کند، و Cloud، یک پیاده نظام شینرا، روبرو می‌شود و با او دوست می‌شود.