Far Cry 6 در سال 2021 در یارا، یک کشور جزیره ای خیالی در دریای کارائیب با الهام از کوبا و توسط دیکتاتور آنتون کاستیلو (جیانکارلو اسپوزیتو) اداره می شود. در سال 1967 یک انقلاب چریکی ریاست پدر آنتون را سرنگون کرد و منجر به انزوای یارا از بقیه جهان شد. پس از فروپاشی کشور، آنتون یک زندانی سیاسی می شود. در سال 2019، آنتون به عنوان رئیس جمهور انتخاب می شود و بر ایجاد Viviro نظارت می کند، یک درمان سرطان جدید که از تنباکو یارا ساخته شده است، و قول می دهد که اقتصاد کشور را تثبیت کند. دو سال بعد، آنتون پیشنویس «قرعهکشی» را برای استخدام شهروندان به عنوان کشاورز در مزارع تنباکو اعلام کرد. آنتون یک پسر 13 ساله به نام دیگو (آنتونی گونزالس) دارد که او را برای جانشینی خود آماده می کند.
در اسپرانزا، پایتخت، در حالی که نیروهای مسلح یارا شهروندان را برای سربازی جمع آوری می کنند، دنی روخاس در کنار دوستان لیتا تورس و آلخو روئیز برای فرار از طریق قایق ماهیگیری به میامی در ایالات متحده آماده می شود. آلجو پس از تحریک نیروها در خیابان مورد اصابت گلوله قرار می گیرد و کشته می شود، در حالی که دنی و لیتا به سمت قایق منتظر پر از پناهجویان دیگر فرار می کنند و فرار می کنند. با این حال، آنتون قایق را متوقف میکند و فاش میکند که دیگو قصد داشت با آنها فرار کند. پس از بازیابی دیگو، دستور می دهد قایق با شلیک گلوله غرق شود. دنی از این هیاهو جان سالم به در می برد و با یک لیتا مجروح مرگبار در ساحل جزیره ای، دور از اسپرانزا، بیدار می شود. با مرگ لیتا، او از دنی میخواهد که به دنبال کلارا گارسیا، رهبر جنبش چریکی لیبرتاد، در همان نزدیکی بگردد. پس از ورود، کلارا به دنی میگوید که خوان کورتز، جاسوس سابق و سازنده سلاح را به لیبرتاد دعوت کند، نیروهای Fuerzas Nacionales de Defensa (FND) در جزیره را مختل کند و محاصره چریکها را در منطقه پاک کند. هنگامی که دنی تمام وظایف را انجام داد، کلارا یک قایق به دنی می دهد تا از یارا فرار کند. اگر دنی ترک نکند، کلارا دستور می دهد تا به نیروهای ضد کاستیلو در سراسر سه منطقه اصلی یارا - مادروگادا، واله دو اورو، و ال استه- کمک کنند و آنها را متقاعد کنند که به لیبرتاد برای بیرون راندن آنتون کمک کنند.