قهرمان داستان نامه ای از پروفسور ویزلی دریافت می کند که حضور آنها در مدرسه جادوگری و جادوگری هاگوارتز به عنوان دانش آموز سال پنجم را تایید می کند و پروفسور فیگ را به عنوان مربی قهرمان داستان تعیین می کند. انجیر قهرمان داستان را از لندن تا هاگوارتز از طریق یک مربی پرواز اسکورت می کند. در حین بررسی یک مصنوع ناشناخته، یک اژدها به آنها حمله میکند و این دو را وادار میکند تا به یک Portkey مخفی در داخل مصنوع برسند که آنها را به گرینگوت از راه دور منتقل میکند. با استفاده از Portkey برای ورود به یک طاق قدیمی، قهرمان داستان میآموزد که میتواند آثار جادوی باستانی را ببیند. این دو نفر قبل از فرار به هاگوارتز با یک گابلین متخاصم به نام رانروک روبرو می شوند، جایی که قهرمان داستان در یکی از چهار خانه طبقه بندی می شود.
قهرمان داستان طلسم های مختلفی را در طول کلاس ها یاد می گیرد و با یک همراه به سفری به هاگزمید می رود که در آنجا ترول فرستاده شده توسط Ranrok به آنها حمله می کند و از آنها شکست می خورد. قهرمان داستان نیز مخفیانه وارد کتابخانه می شود و کتابی با صفحات گم شده پیدا می کند. در حالی که پروفسور فیگ کتاب را مطالعه می کند، شخصیت اصلی صفحات گم شده را پیدا می کند و یک اتاق مخفی در زیر هاگوارتز به نام اتاق نقشه پیدا می کند، جایی که بعداً چندین بار با انجیر بازدید می کنند و با پرتره های چهار استاد فقید هاگوارتز صحبت می کنند که خود را به عنوان "اتاق نقشه" می نامند. "نگهبانان" که هدف آنها محافظت از اسرار جادوی باستانی از دنیای جادوگران است.
برای فاش کردن اسرار جادوی باستانی، قهرمان چهار آزمایش باقی مانده توسط نگهبانان را تکمیل می کند. این آزمایشها دارای پازلهای پیچیده و کارهای خطرناکی است که نیازمند مهارتهایی است که قهرمان داستان به دست آورده است، که هر کدام به یک Pensieve منتهی میشوند، یک وسیله جادویی که برای ذخیره و مرور خاطرات استفاده میشود. قهرمان داستان از خاطرات میآموزد که ایزیدورا مورگاناچ، دانشجوی هاگوارتز که استادی با تواناییهایی مشابه قهرمان داستان شد، با نگهبانان درگیری داشت و پس از استفاده از آن برای استخراج احساسات منفی، بهویژه از او، مخزن پنهانی از جادوی باستانی را پشت سر گذاشت. پدر رنج کشیده نگهبانان متوجه شدند که ایزیدورا برای افزایش قدرت خود احساسات استخراج شده را استنشاق می کند و نتوانستند او را منصرف کنند و یکی از آنها را مجبور کردند که او را با Killing Curse از بین ببرد. از طریق ماجراجوییهای دیگر، قهرمان داستان همچنین متوجه میشود که رانروک، رهبر یک شورش اجنه علیه جادوگران، به دنبال یافتن مخزن و سوء استفاده از آن برای اهداف خود است. برای یافتن آن، او با گروهی از جادوگران تاریک به رهبری ویکتور روکوود، از نوادگان یکی از نگهبانان، همکاری می کند.