پس از شکست شینوک، دارک رایدن قصد دارد از Earthrealm محافظت کند و تمام دشمنانش را نابود کند و نمونه ای از شینوک بسازد و سر او را جدا کند. این عمل اخیر به کرونیکا، نگهبان زمان، الهام میدهد تا تاریخ را بازنویسی کند تا دخالت رایدن را خنثی کند و او را از وجود پاک کند. دو سال بعد، یک تیم ضربتی نیروهای ویژه به رهبری سونیا بلید، کاسی کیج و ژاکی بریگز به Netherrealm حمله کردند و رایدن کمک کرد. تیم موفق می شود قلعه Netherrealm را به قیمت جان سونیا نابود کند. کرونیکا بلافاصله پس از آن با بازماندگان و حاکمان Netherrealm، لیو کانگ و کیتانا متحد می شود.
در همین حال، کوتال کان، امپراتور کنونی دنیای خارج، تلاش میکند تا کلکتور وفادار شائو کان را اعدام کند، اما طوفان زمانی قطع میشود که شائو کان، اسکارلت، باراکا و نسخههای جوانتر کانو، ارون بلک، جید، رایدن، کیتانا، را به ارمغان میآورد. لیو کانگ، جانی کیج، سونیا، جکس، اسکورپیون، کابال و کونگ لائو از گذشته و حذف دارک رایدن از وجود. نبردی در کوتال کوتال شروع می شود تا اینکه دوورا باراکا، کلکتور، اسکارلت، شائو کان، بلک و کانو را به کندوی خود منتقل می کند و آنها را به جمع کرونیکا می بندد.
لیو کانگ، کونگ لائو و رایدن پس از ایجاد اتحاد با کوتال در مقر نیروهای ویژه Earthrealm ظاهر می شوند در حالی که جید و کیتانا به کوتال در محافظت از Outworld در برابر نیروهای Kronika کمک می کنند. لیو کانگ و کونگ لائو در آکادمی وو شی تحقیق می کنند و با دست راست کرونیکا، گرااس، روبرو می شوند. نبرد آنها با استفاده از قدرت زمانسینتیکی خود برای فرار با کپسولهای انرژی قدرتمند حاوی نیروی حیات Earthrealm به پایان میرسد.