Persona 3 Reload ترکیب اصلی خود را از نقشآفرینی سنتی و گیمپلی شبیهسازی اجتماعی حفظ میکند، اما از نظر زیبایی، گرافیک و مکانیکی بازنگری شده است تا سیستمها و ویژگیهایی را که از زمان عرضه نسخه اصلی Persona 3 به سری Persona 3 معرفی شدهاند، یکپارچه کند، بهویژه برگرفته از کیفیت بهبودهای زندگی برای اولین بار در Persona 5 (2016) اجرا شد. علاوه بر اصلاحات اساسی، Reload عناصر متعددی از رابط کاربری گرافیکی خود را اصلاح می کند تا نمایش به روز شده ورودی های بعدی را منعکس کند. برای کارهای حساس به داستان، توضیحات عینی در زیر صفحه نمایش برای تاریخ، زمان روز و فاز ماه اضافه شده است که اقداماتی را که باید برای پیشرفت روایت انجام شود، فهرست می کند، که از نظر عملکردی مشابه نمایشگر هدآپ Persona 5 است. نمایش نقشه همچنین از نظر عملکرد و شکل نسبت به Persona 3 اصلی بهبود یافته است، علاوه بر نشان دادن پیچیدگی های بیشتر در مورد محیط اطراف، اندازه آن افزایش یافته است، و اکنون نشانگرها را در مکان های مهمی قرار می دهد که برای اهداف داستانی باید از آنها بازدید کرد. مانند نقشه Persona 5. توانایی قهرمان داستان برای دویدن در مناطق نیز اضافه شده است.
گیم پلی جدید به بخش های شبیه سازی اجتماعی و نقش آفرینی بازی در Reload معرفی شد. خوابگاه Iwatodai که در آن مهمان اصلی در خارج از کلاس ها اقامت دارد، با فعالیت های متعدد برای انجام فراتر از بازی اصلی گسترش یافته است. قهرمان داستان اکنون می تواند با هر ساکن خوابگاه گفتگوهای فردی داشته باشد، غذای با قابلیت احیا در آشپزخانه خوابگاه، باغچه و پرورش گیاهان روی سقف خوابگاه با تغذیه دوره ای مواد مغذی به آنها، اجاره فیلم برای تماشای با استفاده از دستگاه پخش دی وی دی و همچنین نگهداری از گیاهان روی سقف خوابگاه انجام دهد. به عنوان قرض گرفتن و خواندن کتاب هایی که مدرسه در اختیار خوابگاه قرار داده است. همانند فعالیتهای داخلی مربوطه در Persona 4 و Persona 5، انجام این وظایف هر یک از آمارهای اجتماعی شخصیت اصلی را تقویت میکند که میتواند بعداً برای پیگیری تعاملات خاص با پیوندهای اجتماعی استفاده شود. برای مثال، خواندن کتاب باعث افزایش سطح علمی قهرمان داستان برای مدرسه می شود، در حالی که باغبانی پاداش قهرمان داستان را می دهد که بتواند تاکتیک های جدید را در جنگ یاد بگیرد. علاوه بر این، قهرمان میتواند در هر یک از فعالیتهای فوقالذکر در کنار یکی دیگر از اعضای حزب شرکت کند، که به آنها علاقهمندان بیشتری برای سناریوهای جنگی میدهد.